SeqAn3  3.2.0
The Modern C++ library for sequence analysis.
aminoacid_scoring_scheme.hpp
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6 // -----------------------------------------------------------------------------------------------------
7 
14 #pragma once
15 
16 #include <algorithm>
17 
20 
21 namespace seqan3
22 {
23 
36 {
37  //ATTENTION: when you change this, also update set_similarity_matrix() below
42  blosum30,
47  blosum45,
52  blosum62,
57  blosum80
58 };
59 
73 template <arithmetic score_type = int8_t>
74 class aminoacid_scoring_scheme : public scoring_scheme_base<aminoacid_scoring_scheme<score_type>, aa27, score_type>
75 {
76 private:
79 
81  using base_t::matrix;
82 
84  friend base_t;
85 
86 public:
89  using typename base_t::matrix_type;
91 
96  constexpr aminoacid_scoring_scheme() noexcept = default;
98  template <arithmetic score_arg_t>
99  constexpr aminoacid_scoring_scheme(match_score<score_arg_t> const ms, mismatch_score<score_arg_t> const mms) :
100  base_t{ms, mms}
101  {}
103  constexpr aminoacid_scoring_scheme(matrix_type const & matrix) noexcept : base_t{matrix}
104  {}
105 
109  {
110  set_similarity_matrix(matrix_id);
111  }
113 
121  constexpr void set_similarity_matrix(aminoacid_similarity_matrix const matrix_id)
122  {
123  switch (matrix_id)
124  {
126  std::ranges::copy(blosum30, begin(matrix));
127  break;
129  std::ranges::copy(blosum45, begin(matrix));
130  break;
132  std::ranges::copy(blosum62, begin(matrix));
133  break;
135  std::ranges::copy(blosum80, begin(matrix));
136  break;
137  default:
138  throw std::invalid_argument{"ERROR in set_similarity_matrix(), matrix_id has no matrix."};
139  }
140  }
142 
143 private:
145  static constexpr matrix_type blosum30{{
147  //A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X, Y Z *
148  {4, 0, -3, 0, 0, -2, 0, -2, 0, -1, 0, -1, 1, 0, 0, -1, 1, -1, 1, 1, 0, 1, -5, 0, -4, 0, -7}, //A
149  {0, 5, -2, 5, 0, -3, 0, -2, -2, -2, 0, -1, -2, 4, -1, -2, -1, -2, 0, 0, -1, -2, -5, -1, -3, 0, -7}, //B
150  {-3, -2, 17, -3, 1, -3, -4, -5, -2, -1, -3, 0, -2, -1, -2, -3, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -6, 0, -7}, //C
151  {0, 5, -3, 9, 1, -5, -1, -2, -4, -3, 0, -1, -3, 1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -2, -4, -1, -1, 0, -7}, //D
152  {0, 0, 1, 1, 6, -4, -2, 0, -3, -2, 2, -1, -1, -1, -1, 1, 2, -1, 0, -2, -1, -3, -1, -1, -2, 5, -7}, //E
153  {-2, -3, -3, -5, -4, 10, -3, -3, 0, 1, -1, 2, -2, -1, -1, -4, -3, -1, -1, -2, -1, 1, 1, -1, 3, -4, -7}, //F
154  {0, 0, -4, -1, -2, -3, 8, -3, -1, -2, -1, -2, -2, 0, -1, -1, -2, -2, 0, -2, -1, -3, 1, -1, -3, -2, -7}, //G
155  {-2, -2, -5, -2, 0, -3, -3, 14, -2, -2, -2, -1, 2, -1, -1, 1, 0, -1, -1, -2, -1, -3, -5, -1, 0, 0, -7}, //H
156  {0, -2, -2, -4, -3, 0, -1, -2, 6, 4, -2, 2, 1, 0, 0, -3, -2, -3, -1, 0, 0, 4, -3, 0, -1, -3, -7}, //I
157  {-1, -2, -1, -3, -2, 1, -2, -2, 4, 4, -2, 3, 2, -1, 0, -3, -2, -3, -2, 0, 0, 3, -3, 0, 1, -2, -7}, //J
158  {0, 0, -3, 0, 2, -1, -1, -2, -2, -2, 4, -2, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 0, -1, 0, -2, -2, 0, -1, 1, -7}, //K
159  {-1, -1, 0, -1, -1, 2, -2, -1, 2, 3, -2, 4, 2, -2, 0, -3, -2, -2, -2, 0, 0, 1, -2, 0, 3, -1, -7}, //L
160  {1, -2, -2, -3, -1, -2, -2, 2, 1, 2, 2, 2, 6, 0, 0, -4, -1, 0, -2, 0, 0, 0, -3, 0, -1, -1, -7}, //M
161  {0, 4, -1, 1, -1, -1, 0, -1, 0, -1, 0, -2, 0, 8, 0, -3, -1, -2, 0, 1, 0, -2, -7, 0, -4, -1, -7}, //N
162  {0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, -1, -1, 0, -1, 0, 0, -1, 0, -2, -1, -1, 0, -7}, //O
163  {-1, -2, -3, -1, 1, -4, -1, 1, -3, -3, 1, -3, -4, -3, -1, 11, 0, -1, -1, 0, -1, -4, -3, -1, -2, 0, -7}, //P
164  {1, -1, -2, -1, 2, -3, -2, 0, -2, -2, 0, -2, -1, -1, 0, 0, 8, 3, -1, 0, 0, -3, -1, 0, -1, 4, -7}, //Q
165  {-1, -2, -2, -1, -1, -1, -2, -1, -3, -3, 1, -2, 0, -2, -1, -1, 3, 8, -1, -3, -1, -1, 0, -1, 0, 0, -7}, //R
166  {1, 0, -2, 0, 0, -1, 0, -1, -1, -2, 0, -2, -2, 0, 0, -1, -1, -1, 4, 2, 0, -1, -3, 0, -2, -1, -7}, //S
167  {1, 0, -2, -1, -2, -2, -2, -2, 0, 0, -1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, -3, 2, 5, 0, 1, -5, 0, -1, -1, -7}, //T
168  {0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, -1, -1, 0, -1, 0, 0, -1, 0, -2, -1, -1, 0, -7}, //U
169  {1, -2, -2, -2, -3, 1, -3, -3, 4, 3, -2, 1, 0, -2, 0, -4, -3, -1, -1, 1, 0, 5, -3, 0, 1, -3, -7}, //V
170  {-5, -5, -2, -4, -1, 1, 1, -5, -3, -3, -2, -2, -3, -7, -2, -3, -1, 0, -3, -5, -2, -3, 20, -2, 5, -1, -7}, //W
171  {0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, -1, -1, 0, -1, 0, 0, -1, 0, -2, -1, -1, 0, -7}, //X
172  {-4, -3, -6, -1, -2, 3, -3, 0, -1, 1, -1, 3, -1, -4, -1, -2, -1, 0, -2, -1, -1, 1, 5, -1, 9, -2, -7}, //Y
173  {0, 0, 0, 0, 5, -4, -2, 0, -3, -2, 1, -1, -1, -1, 0, 0, 4, 0, -1, -1, 0, -3, -1, 0, -2, 4, -7}, //Z
174  {-7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, 1} //*
176  }};
177 
179  static constexpr matrix_type blosum45{{
181  //A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X, Y Z *
182  {5, -1, -1, -2, -1, -2, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -2, 1, 0, 0, 0, -2, 0, -2, -1, -5}, //A
183  {-1, 4, -2, 5, 1, -3, -1, 0, -3, -3, 0, -3, -2, 4, -1, -2, 0, -1, 0, 0, -1, -3, -4, -1, -2, 2, -5}, //B
184  {-1, -2, 12, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -3, -3, -2, -2, -2,
185  -2, -4, -3, -3, -1, -1, -2, -1, -5, -2, -3, -3, -5}, //C
186  {-2, 5, -3, 7, 2, -4, -1, 0, -4, -4, 0, -3, -3, 2, -1, -1, 0, -1, 0, -1, -1, -3, -4, -1, -2, 1, -5}, //D
187  {-1, 1, -3, 2, 6, -3, -2, 0, -3, -3, 1, -2, -2, 0, -1, 0, 2, 0, 0, -1, -1, -3, -3, -1, -2, 4, -5}, //E
188  {-2, -3, -2, -4, -3, 8, -3, -2, 0, 1, -3, 1, 0, -2, -1, -3, -4, -2, -2, -1, -1, 0, 1, -1, 3, -3, -5}, //F
189  {0, -1, -3, -1, -2, -3, 7, -2, -4, -4, -2, -3, -2, 0, -1, -2, -2, -2, 0, -2, -1, -3, -2, -1, -3, -2, -5}, //G
190  {-2, 0, -3, 0, 0, -2, -2, 10, -3, -3, -1, -2, 0, 1, -1, -2, 1, 0, -1, -2, -1, -3, -3, -1, 2, 0, -5}, //H
191  {-1, -3, -3, -4, -3, 0, -4, -3, 5, 4, -3, 2, 2, -2, -1, -2, -2, -3, -2, -1, -1, 3, -2, -1, 0, -3, -5}, //I
192  {-1, -3, -3, -4, -3, 1, -4, -3, 4, 4, -3, 4, 2, -3, -1, -3, -2, -3, -3, -1, -1, 2, -2, -1, 0, -3, -5}, //J
193  {-1, 0, -3, 0, 1, -3, -2, -1, -3, -3, 5, -3, -1, 0, -1, -1, 1, 3, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, 1, -5}, //K
194  {-1, -3, -2, -3, -2, 1, -3, -2, 2, 4, -3, 5, 2, -3, -1, -3, -2, -2, -3, -1, -1, 1, -2, -1, 0, -2, -5}, //L
195  {-1, -2, -2, -3, -2, 0, -2, 0, 2, 2, -1, 2, 6, -2, -1, -2, 0, -1, -2, -1, -1, 1, -2, -1, 0, -1, -5}, //M
196  {-1, 4, -2, 2, 0, -2, 0, 1, -2, -3, 0, -3, -2, 6, -1, -2, 0, 0, 1, 0, -1, -3, -4, -1, -2, 0, -5}, //N
197  {0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, 0, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -5}, //O
198  {-1, -2, -4, -1, 0, -3, -2, -2, -2, -3, -1, -3, -2, -2, -1, 9, -1, -2, -1, -1, -1, -3, -3, -1, -3, -1, -5}, //P
199  {-1, 0, -3, 0, 2, -4, -2, 1, -2, -2, 1, -2, 0, 0, -1, -1, 6, 1, 0, -1, -1, -3, -2, -1, -1, 4, -5}, //Q
200  {-2, -1, -3, -1, 0, -2, -2, 0, -3, -3, 3, -2, -1, 0, -1, -2, 1, 7, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, 0, -5}, //R
201  {1, 0, -1, 0, 0, -2, 0, -1, -2, -3, -1, -3, -2, 1, 0, -1, 0, -1, 4, 2, 0, -1, -4, 0, -2, 0, -5}, //S
202  {0, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -1, 0, 0, -1, -1, -1, 2, 5, 0, 0, -3, 0, -1, -1, -5}, //T
203  {0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, 0, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -5}, //U
204  {0, -3, -1, -3, -3, 0, -3, -3, 3, 2, -2, 1, 1, -3, -1, -3, -3, -2, -1, 0, -1, 5, -3, -1, -1, -3, -5}, //V
205  {-2, -4, -5, -4, -3, 1, -2, -3, -2, -2, -2, -2, -2, -4, -2, -3, -2, -2, -4, -3, -2, -3, 15, -2, 3, -2, -5}, //W
206  {0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, 0, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -5}, //X
207  {-2, -2, -3, -2, -2, 3, -3, 2, 0, 0, -1, 0, 0, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -1, -1, -1, 3, -1, 8, -2, -5}, //Y
208  {-1, 2, -3, 1, 4, -3, -2, 0, -3, -3, 1, -2, -1, 0, -1, -1, 4, 0, 0, -1, -1, -3, -2, -1, -2, 4, -5}, //Z
209  {-5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, 1} //*
211  }};
212 
214  static constexpr matrix_type blosum62{{
216  //A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z *
217  {4, -2, 0, -2, -1, -2, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -2, 0, -1, -1, -1, 1, 0, 0, 0, -3, 0, -2, -1, -4}, //A
218  {-2, 4, -3, 4, 1, -3, -1, 0, -3, -4, 0, -4, -3, 3, -1, -2, 0, -1, 0, -1, -1, -3, -4, -1, -3, 1, -4}, //B
219  {0, -3, 9, -3, -4, -2, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -1, -3, -2, -3, -3, -3, -1, -1, -2, -1, -2, -2, -2, -3, -4}, //C
220  {-2, 4, -3, 6, 2, -3, -1, -1, -3, -4, -1, -4, -3, 1, -1, -1, 0, -2, 0, -1, -1, -3, -4, -1, -3, 1, -4}, //D
221  {-1, 1, -4, 2, 5, -3, -2, 0, -3, -3, 1, -3, -2, 0, -1, -1, 2, 0, 0, -1, -1, -2, -3, -1, -2, 4, -4}, //E
222  {-2, -3, -2, -3, -3, 6, -3, -1, 0, 0, -3, 0, 0, -3, -1, -4, -3, -3, -2, -2, -1, -1, 1, -1, 3, -3, -4}, //F
223  {0, -1, -3, -1, -2, -3, 6, -2, -4, -4, -2, -4, -3, 0, -1, -2, -2, -2, 0, -2, -1, -3, -2, -1, -3, -2, -4}, //G
224  {-2, 0, -3, -1, 0, -1, -2, 8, -3, -3, -1, -3, -2, 1, -1, -2, 0, 0, -1, -2, -1, -3, -2, -1, 2, 0, -4}, //H
225  {-1, -3, -1, -3, -3, 0, -4, -3, 4, 3, -3, 2, 1, -3, -1, -3, -3, -3, -2, -1, -1, 3, -3, -1, -1, -3, -4}, //I
226  {-1, -4, -1, -4, -3, 0, -4, -3, 3, 3, -3, 3, 2, -3, -1, -3, -3, -3, -2, -1, -1, 2, -3, -1, -1, -3, -4}, //J
227  {-1, 0, -3, -1, 1, -3, -2, -1, -3, -3, 5, -2, -1, 0, -1, -1, 1, 2, 0, -1, -1, -2, -3, -1, -2, 1, -4}, //K
228  {-1, -4, -1, -4, -3, 0, -4, -3, 2, 3, -2, 4, 2, -3, -1, -3, -2, -2, -2, -1, -1, 1, -2, -1, -1, -3, -4}, //L
229  {-1, -3, -1, -3, -2, 0, -3, -2, 1, 2, -1, 2, 5, -2, -1, -2, 0, -1, -1, -1, -1, 1, -1, -1, -1, -1, -4}, //M
230  {-2, 3, -3, 1, 0, -3, 0, 1, -3, -3, 0, -3, -2, 6, -1, -2, 0, 0, 1, 0, -1, -3, -4, -1, -2, 0, -4}, //N
231  {0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, 0, 0, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -4}, //O
232  {-1, -2, -3, -1, -1, -4, -2, -2, -3, -3, -1, -3, -2, -2, -2, 7, -1, -2, -1, -1, -2, -2, -4, -2, -3, -1, -4}, //P
233  {-1, 0, -3, 0, 2, -3, -2, 0, -3, -3, 1, -2, 0, 0, -1, -1, 5, 1, 0, -1, -1, -2, -2, -1, -1, 3, -4}, //Q
234  {-1, -1, -3, -2, 0, -3, -2, 0, -3, -3, 2, -2, -1, 0, -1, -2, 1, 5, -1, -1, -1, -3, -3, -1, -2, 0, -4}, //R
235  {1, 0, -1, 0, 0, -2, 0, -1, -2, -2, 0, -2, -1, 1, 0, -1, 0, -1, 4, 1, 0, -2, -3, 0, -2, 0, -4}, //S
236  {0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -1, 0, 0, -1, -1, -1, 1, 5, 0, 0, -2, 0, -2, -1, -4}, //T
237  {0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, 0, 0, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -4}, //U
238  {0, -3, -1, -3, -2, -1, -3, -3, 3, 2, -2, 1, 1, -3, -1, -2, -2, -3, -2, 0, -1, 4, -3, -1, -1, -2, -4}, //V
239  {-3, -4, -2, -4, -3, 1, -2, -2, -3, -3, -3, -2, -1, -4, -2, -4, -2, -3, -3, -2, -2, -3, 11, -2, 2, -3, -4}, //W
240  {0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, 0, 0, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -4}, //X
241  {-2, -3, -2, -3, -2, 3, -3, 2, -1, -1, -2, -1, -1, -2, -1, -3, -1, -2, -2, -2, -1, -1, 2, -1, 7, -2, -4}, //Y
242  {-1, 1, -3, 1, 4, -3, -2, 0, -3, -3, 1, -3, -1, 0, -1, -1, 3, 0, 0, -1, -1, -2, -3, -1, -2, 4, -4}, //Z
243  {-4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, 1} //*
245  }};
246 
248  static constexpr matrix_type blosum80{{
250  //A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X, Y Z *
251  {7, -3, -1, -3, -2, -4, 0, -3, -3, -3, -1, -3, -2, -3, -1, -1, -2, -3, 2, 0, -1, -1, -5, -1, -4, -2, -8}, //A
252  {-3, 6, -6, 6, 1, -6, -2, -1, -6, -7, -1, -7, -5, 5, -3, -4, -1, -2, 0, -1, -3, -6, -8, -3, -5, 0, -8}, //B
253  {-1, -6, 13, -7, -7, -4, -6, -7, -2, -3, -6, -3, -3, -5,
254  -4, -6, -5, -6, -2, -2, -4, -2, -5, -4, -5, -7, -8}, //C
255  {-3, 6, -7, 10, 2, -6, -3, -2, -7, -7, -2, -7, -6, 2, -3, -3, -1, -3, -1, -2, -3, -6, -8, -3, -6, 1, -8}, //D
256  {-2, 1, -7, 2, 8, -6, -4, 0, -6, -6, 1, -6, -4, -1, -2, -2, 3, -1, -1, -2, -2, -4, -6, -2, -5, 6, -8}, //E
257  {-4, -6, -4, -6, -6, 10, -6, -2, -1, -1, -5, 0, 0, -6, -3, -6, -5, -5, -4, -4, -3, -2, 0, -3, 4, -6, -8}, //F
258  {0, -2, -6, -3, -4, -6, 9, -4, -7, -7, -3, -7, -5, -1, -3, -5, -4, -4, -1, -3, -3, -6, -6, -3, -6, -4, -8}, //G
259  {-3, -1, -7, -2, 0, -2, -4, 12, -6, -6, -1, -5, -4, 1, -2, -4, 1, 0, -2, -3, -2, -5, -4, -2, 3, 0, -8}, //H
260  {-3, -6, -2, -7, -6, -1, -7, -6, 7, 5, -5, 2, 2, -6, -2, -5, -5, -5, -4, -2, -2, 4, -5, -2, -3, -6, -8}, //I
261  {-3, -7, -3, -7, -6, -1, -7, -6, 5, 5, -5, 4, 3, -6, -2, -5, -5, -5, -4, -3, -2, 3, -5, -2, -3, -6, -8}, //J
262  {-1, -1, -6, -2, 1, -5, -3, -1, -5, -5, 8, -4, -3, 0, -2, -2, 2, 3, -1, -1, -2, -4, -6, -2, -4, 1, -8}, //K
263  {-3, -7, -3, -7, -6, 0, -7, -5, 2, 4, -4, 6, 3, -6, -2, -5, -4, -4, -4, -3, -2, 1, -4, -2, -2, -5, -8}, //L
264  {-2, -5, -3, -6, -4, 0, -5, -4, 2, 3, -3, 3, 9, -4, -2, -4, -1, -3, -3, -1, -2, 1, -3, -2, -3, -3, -8}, //M
265  {-3, 5, -5, 2, -1, -6, -1, 1, -6, -6, 0, -6, -4, 9, -2, -4, 0, -1, 1, 0, -2, -5, -7, -2, -4, -1, -8}, //N
266  {-1, -3, -4, -3, -2, -3, -3, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -2,
267  -2, -3, -2, -2, -1, -1, -2, -2, -5, -2, -3, -1, -8}, //O
268  {-1, -4, -6, -3, -2, -6, -5, -4, -5, -5, -2, -5, -4, -4,
269  -3, 12, -3, -3, -2, -3, -3, -4, -7, -3, -6, -2, -8}, //P
270  {-2, -1, -5, -1, 3, -5, -4, 1, -5, -5, 2, -4, -1, 0, -2, -3, 9, 1, -1, -1, -2, -4, -4, -2, -3, 5, -8}, //Q
271  {-3, -2, -6, -3, -1, -5, -4, 0, -5, -5, 3, -4, -3, -1, -2, -3, 1, 9, -2, -2, -2, -4, -5, -2, -4, 0, -8}, //R
272  {2, 0, -2, -1, -1, -4, -1, -2, -4, -4, -1, -4, -3, 1, -1, -2, -1, -2, 7, 2, -1, -3, -6, -1, -3, -1, -8}, //S
273  {0, -1, -2, -2, -2, -4, -3, -3, -2, -3, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -1, -2, 2, 8, -1, 0, -5, -1, -3, -2, -8}, //T
274  {-1, -3, -4, -3, -2, -3, -3, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -2,
275  -2, -3, -2, -2, -1, -1, -2, -2, -5, -2, -3, -1, -8}, //U
276  {-1, -6, -2, -6, -4, -2, -6, -5, 4, 3, -4, 1, 1, -5, -2, -4, -4, -4, -3, 0, -2, 7, -5, -2, -3, -4, -8}, //V
277  {-5, -8, -5, -8, -6, 0, -6, -4, -5, -5, -6, -4, -3, -7, -5, -7, -4, -5, -6, -5, -5, -5, 16, -5, 3, -5, -8}, //W
278  {-1, -3, -4, -3, -2, -3, -3, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -2,
279  -2, -3, -2, -2, -1, -1, -2, -2, -5, -2, -3, -1, -8}, //X
280  {-4, -5, -5, -6, -5, 4, -6, 3, -3, -3, -4, -2, -3, -4, -3, -6, -3, -4, -3, -3, -3, -3, 3, -3, 11, -4, -8}, //Y
281  {-2, 0, -7, 1, 6, -6, -4, 0, -6, -6, 1, -5, -3, -1, -1, -2, 5, 0, -1, -2, -1, -4, -5, -1, -4, 6, -8}, //Z
282  {-8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, 1} //*
284  }};
285 
286  //TODO(h-2): add more matrixes
287 };
288 
295 aminoacid_scoring_scheme()->aminoacid_scoring_scheme<int8_t>;
296 
300 template <arithmetic score_arg_type>
303 
305 template <arithmetic score_arg_type>
307 
311 aminoacid_scoring_scheme(aminoacid_similarity_matrix)->aminoacid_scoring_scheme<int8_t>;
313 
314 } // namespace seqan3
Provides seqan3::aa27, container aliases and string literals.
The twenty-seven letter amino acid alphabet.
Definition: aa27.hpp:46
A data structure for managing and computing the score of two amino acids.
Definition: aminoacid_scoring_scheme.hpp:75
constexpr void set_similarity_matrix(aminoacid_similarity_matrix const matrix_id)
Set the similarity matrix scheme (e.g. blosum62).
Definition: aminoacid_scoring_scheme.hpp:121
constexpr aminoacid_scoring_scheme() noexcept=default
The default constructor (delegates to set_hamming_distance()).
aminoacid_scoring_scheme(aminoacid_similarity_matrix) -> aminoacid_scoring_scheme< int8_t >
Attention: This guide does not actually deduce from the underlying type, but always defaults to int8_...
aminoacid_scoring_scheme() -> aminoacid_scoring_scheme< int8_t >
Default constructed objects deduce to int8_t.
constexpr aminoacid_scoring_scheme(matrix_type const &matrix) noexcept
Constructor for a custom scheme (delegates to set_custom_matrix()).
Definition: aminoacid_scoring_scheme.hpp:103
aminoacid_scoring_scheme(match_score< score_arg_type >, mismatch_score< score_arg_type >) -> aminoacid_scoring_scheme< int8_t >
Attention: This guide does not actually deduce from the underlying type, but always defaults to int8_...
aminoacid_scoring_scheme(std::array< std::array< score_arg_type, 27 >, 27 >) -> aminoacid_scoring_scheme< score_arg_type >
Deduce the score type from the provided matrix.
constexpr aminoacid_scoring_scheme(aminoacid_similarity_matrix const matrix_id)
Construct for seqan3::aminoacid_similarity_matrix.
Definition: aminoacid_scoring_scheme.hpp:108
A CRTP base class for scoring schemes.
Definition: scoring_scheme_base.hpp:100
std::array< std::array< score_type, matrix_size >, matrix_size > matrix_type
Type of the internal matrix (a two-dimensional array).
Definition: scoring_scheme_base.hpp:120
score_t score_type
Type of the score values.
Definition: scoring_scheme_base.hpp:106
aminoacid_similarity_matrix
Identifiers for amino acid similarity matrixes.
Definition: aminoacid_scoring_scheme.hpp:36
@ blosum80
The blosum80 matrix for closely related proteins.
@ blosum30
The blosum30 matrix for very distantly related proteins.
@ blosum45
The blosum45 matrix for distantly related proteins.
@ blosum62
The blosum62 matrix recommended for most use-cases.
A type that satisfies std::is_arithmetic_v<t>.
The main SeqAn3 namespace.
Definition: aligned_sequence_concept.hpp:29
Provides seqan3::scoring_scheme_base.
A strong type of underlying type score_type that represents the score of two matching characters.
Definition: scoring_scheme_base.hpp:41
A strong type of underlying type score_type that represents the score two different characters.
Definition: scoring_scheme_base.hpp:66